A venerada Imagem de Cristo Crucificado, sob o título do Bom Jesus, ficou exposta dentro da gruta. O culto do Senhor Bom Jesus, que morreu na cruz pela nossa salvação, começou a conquistar os corações até dos intrépidos bandeirantes, caçadores do ouro e conquistadores de terras. Assim foi descoberto o Santuário do Senhor Bom Jesus, chamado “da Lapa” pois foi na Gruta onde ficou a imagem d’Ele. Já citado antes, Euclides da Cunha, revela. “...os possuidores do solo, de que são os modelos clássicos os herdeiros de Antônio Guedes de Brito, eram ciosos dos dilatados latifúndios, sem raias, avassalando a terra.
A custo toleravam a intervenção da própria metrópole. A ereção de capelas, ou paróquias, em suas terras fazia-se sempre através de controvérsias com os padres; e embora estes afinal ganhassem a partida caiam de algum modo sob o domínio dos grandes. Estes dificultavam a entrada de novos povoadores ou concorrentes e tornavam as fazendas de criação dispersas em torno das freguesias recém-formadas poderosos centros de atração à raça mestiça que delas promonava: Assim, esta se desenvolveu fora do influxo de outros elementos... adquirindo uma fisionomia original. Como que se criaram num país diverso...”
Francisco de Mendonça Mar; por seu modo de viver que escolheu e com o apostolado que desenvolveu, não caiu sob o domínio, nem uma entidade autônoma, independente dos poderosos deste mundo; recebendo direto do Rei de Portugal a doação de terras para o Santuário. Foi por isso que o Santuário do Bom Jesus da Lapa nunca na sua história pertenceu a algum proprietário de latifúndios. Era isento, embora as terras dele ao longo da história, aos pouco, fossem roubadas e, até o próprio Morro, mutilado e freqüentas vezes invadido á força pelos caciques locais, que após 300 anos estão perguntando: “E a escritura? O Santuário será que tem a escritura da prefeitura municipal?”.
Francisco vivia humildemente de pesca e de pequena horta. Tornou-se conhecido pela sua bondade. Todos o admiravam. Ele se ocultou, mas o Bom Jesus o revelou, pois os viandantes, que regressavam à Bahia, eram portadores da notícia de que no coração do sertão, numa linda gruta de um morro na margem do Rio São Francisco, morava um homem extraordinário, que levava vida de santo. “O MONGE DA GRUTA”, realizava um apostolado fecundo pregando e Evangelho do Bom Jesus.
Estas notícias chegaram aos ouvidos do apostólico Arcebispo da Bahia, Dom Sebastião Monteiro da Vide. Este enviou em 1702 um Visitador Geral, que constatou serem verdadeiras todas as notícias sobre o culto do Senhor Bom Jesus e sobre a vida exemplar do Monge. Levou portanto informação favorável, quer do bom espírito que animava o Monge, quer do lugar em que a ?Santa Imagem de Cristo Crucificado era venerada por grande número de pessoas. Ali os sacerdotes; na sua passagem, já celebravam a Santa Missa, pois havia todos os paramentos necessários para o culto.
O Visitador Geral, Vendo que o culto do Bom Jesus florescia e já existia romaria embora pequena, erigiu aquele templo que a natureza havia fabricado, em capela, ou igreja, com título de BOM JESUS e de NOSSA SENHORA DA SOLEDADE.

Fonte: Livro Santúário do Bom Jesus da Lapa por Pe. Lucas Kocik.