A Gruta, anteriormente habitação de onças, foi convertida por Francisco de Mendonça Mar em lugar de oração e santificação.
A Gruta mede agora uns 50 metros de comprimento por um máximo de 11 metros de largura e 7 de altura.
Logo ao entrar, à direita, do lado do rio, abre-se mais uma gruta, onde os romeiros antigamente depositavam os ex-votos e por esta razão a gruta era chamada “Sala dos Milagres”. Agora, desde 1983 foi transformada em Capela do Santíssimo Sacramento.
À esquerda da entrada da Gruta do Bom Jesus, subindo alguns degraus de pedra, encontra-se a pia batismal, feita por Monsenhor Turíbio em 1935, em pedra natural.
Houve na Gruta do Senhor Bom Jesus uma antiga pia batismal. Mas não se sabe o que aconteceu com ela quando Monsenhor Turíbio fez a nova de estalagmite natural.
Pode ser que se acha na casa de alguém na Lapa ou em outro lugar. Monsenhor Turíbio devia ter anotado no livro do Tombo do Santuário o que fez com aquela pia. Porem, esse volume (do livro) foi furtado em 1957, sumindo da mala do Bispo Dom Muniz, que a guardava na casa paroquial, durante as cerimônias litúrgicas na igreja. Isso aconteceu no mesmo dia em que o primeiro vigário redentorista, Padre Teofânio, entregou o dito livro ao Bispo da Diocese.
FOTO da Capela de Nossa Senhora do Carmo.

Atrás da pia batismal, estende-se outra “grutazinha” “A Cova da Serpente”, transformada em junho de 1975 em Capela de Nossa Senhora Aparecida. Passando mais adiante, rumo ao altar-mor, num nicho natural está situado o altar do Senhor dos Passos, cuja imagem em madeira, de tamanho natural, impressiona a todos. Logo, em seguida a imagem de Nossa Senhora da Piedade.
No nicho do altar-mor está colocada a imagem milagrosa do Senhor Bom Jesus (fac-símile daquela que trouxe o Monge). Acima do altar “no céu” vemos a pintura da transfiguração de Nosso Senhor no monte Tabor, fato celebrado anualmente no dia 06 de agosto – Festa do Senhor Bom Jesus.
O altar do Senhor Bom Jesus foi reformado em outubro de 1912. Os trabalhos de pedreiro foram feitos por um mestre de Caetité. A obra de decoração, de relevos fundidos em cimento, foi executada por Osório Rodrigues Porto, que a terminou em janeiro de 1913. A douração e pintura foram feitas pelo Sr. Laurentino Philiocre, da Barra. Começou ele trabalho no dia 1º de março de 1913, terminou-o aos 18 de maio do mesmo ano. Em 1968, fez-se a remodelação do altar-mor.
Dos lados do altar-mor encontram-se dois altares menores, com as imagens dos Sagrados Corações de Jesus e de Maria.
Atrás do altar-mor esta a sacristia, lugar de preparação para as celebrações litúrgicas, onde se acham os paramentos litúrgicos e o quadro de comando com os aparelhos de som de todo o Santuário. No fundo da sacristia encontra-se o Oratório-sacrário, onde é guardado o Santíssimo Sacramento.

Na entrada da sacristia encontram-se duas pedras sonoras do morro, que serviram de sinos durante as celebrações eucarísticas. A maior das pedras, com o som de sino, foi quebrada em 1975 por uma mulher devota, a qual, batendo com força na pedra pendurada, partiu-a, caindo o pedaço maior no chão. Desde esse tempo, a pedra perdeu quase totalmente seu agradável som.
FOTO do Altar do Senhor Bom Jesus
À esquerda do altar-mor, existe “A Cova do Monge” protegida por uma grade de ferro, ornada no interior com uma sepultura de pedra polida e um anjo de mármore depositando flores sobre o túmulo do Monge – obra de arte italiana. A tradição aponta, que nesta cova morava Francisco da Soledade, nela morreu e ai foi sepultado. As gerações que seguiram fizeram-lhe neste lugar um túmulo.
Logo à esquerda, uma cova vizinha, a “Cova da Onça”. A lenda diz que junto como Monge morava dentro da gruta uma onça amiga dele.
A iluminação existente na Gruta do Bom Jesus e nas outras grutas como também o serviço de som foram instalados em 1974.
Em 1988 foi instalados na Gruta e na esplanada novos serviço de som com os mais modernos aparelhos.

Em 1982 a Gruta do Sr. Bom Jesus foi pavimentada, os altares revestidos de placas de mármore, e feita nova grade em frente do altar do Senhor Bom Jesus. Logo no inicio de 1983 a antiga “sala dos milagres” foi transformada em capela do Santíssimo Sacramento, com belo vitral. Foi planejada e feita por irmão Pascoal da Comunidade de Taizé.
O Sacrário, em forma piramidal, foi feito num tronco de sucupira por Thomaz que dedicou seis meses na execução desse sacrário.

Nesta Capela do Santíssimo Sacramento, perto do altar, à direita de quem entra, presa na rocha numa moldura de madeira, envidraçada, fica exposto o quadro de Nossa Senhora, Mãe do Perpetuo Socorro. É Fac-símile (ou seja cópia autêntica) do famoso quadro milagroso que se encontra em Roma na igreja dos Padres Redentoristas.
Esse quadro trazido da Polônia por Padre Lucas em 1978, foi bento em Roma por Pe. Superior Geral da Congregação Redentorista e pelo Santo Padre o Papa Paulo VI.

Fonte: Livro Santúário do Bom Jesus da Lapa por Pe. Lucas Kocik.