Desde o seu inicio, cada Santuário tem alguma imagem considerada milagrosa. O Santuário do Bom Jesus teve 2 imagens veneradas, que o Monge, Francisco da Soledade trouxe: A imagem do Senhor Bom Jesus, crucificado, e de Nossa Senhora da Soledade, ou seja Nossa Senhora das dores.

A IMAGEM DO BOM JESUS
A história nos conta que o monge trouxe para a Gruta a Imagem de Jesus Crucificado do tamanho de 3 palmos, chamada a Imagem do Bom Jesus. Foi ela esculpida de madeira pesada e forte, jatobá ou jacarandá.
O crucifixo, que agora se acha no nicho do altar-mor não é o mesmo que o Monge trouxe. A Imagem primitiva do Senhor Bom Jesus trazida por Francisco de Mendonça Mar, desapareceu pra sempre, ficando queimada no incêndio da Gruta, na noite de 01 de maio de 1903. Desta imagem conserva-se somente alguns carvões guardados num relicário, colocados em forma de cruz (no museu).
A nova Imagem foi encomendada em maio do mesmo ano de 1903 pelo Exmº Sr. Dom Jerônimo Tomé da Silva a um professor de escultura no Liceu de Artes e Ofícios da Bahia, João Guilherme da Rocha Barros, apelidado "o frade". Os esplendores da cabeça e das costas da imagem atual são os mesmos que ostentava a imagem antiga. Foram encontrados intactos, depois do incêndio da Gruta, no qual a cruz e a imagem ficaram carbonizadas.
A nova Imagem foi benta no dia 10 de julho de 1903 no porto e levada em brilhante procissão por todas as ruas da cidade, em meio a um extraordinário entusiasmo do povo. A imagem milagrosa do Senhor Bom Jesus, venerada no Santuário, não é apenas um pedaço de madeira que se adora, mas adora-se aquele que a Imagem representa. O Culto é prestado a pessoa do Cristo Redentor, Salvador da humanidade que pelos sofrimentos e pela morte na cruz reconciliou a humanidade com Deus.
A Imagem de Cristo crucificado no nicho é apenas um sinal, recordando a todos a pessoa de Cristo e invocando a memória daquilo que ele fez por amor e pela salvação de todos. É um grande sinal de amor que Jesus tem para conosco. Igual, do mesmo modo da Imagem de Nossa Senhora da Soledade que representa a pessoa da Mãe do Salvador, como se fosse uma fotografia dessa pessoa mais elevada e estimada pelo próprio Deus. Então é justo que nós também prestemos nossa homenagem toda especial, no nosso culto, Nossa Senhora não é uma Deusa, mas é por intermédio dela que queremos prestar o mais digno culto ao próprio Deus.

A IMAGEM DE NOSSA SENHORA DA SOLEDADE
A outra Imagem de Francisco foi Nossa Senhora da Soledade. No tempo de Padre Francisco se encontrava num altar ricamente pintado, que infelizmente se queimou por completo no incêndio da Gruta. A Imagem atual colocada num nicho de vidro na Gruta da Soledade, esculpida em madeira e tendo 1 metro e 60 de altura foi solenemente entronizada por Dom João Muniz, Bispo da Barra, em 05 de agosto de 1952.
Em 1971, logo após a festa de Nossa Senhora da Soledade, esta imagem foi queimada. Provavelmente pelas velas deixadas acessas por algum imprudente. O velho sacristão José de Jesus e o Bispo Dom José Nicomedes Grossi conseguiram ainda salvar a imagem, embora parcialmente carbonizada e sem os olhos.Assim foi levada na procissão festiva no ano seguinte de 1972 durante a festa de Nossa Senhora da Soledade. Foi uma visão muito triste.Em 17 de julho de 1973, veio a Lapa a Senhora Bernardina Félix Braga, escultora de Salvador, convidada para restaurar a Imagem queimada de Nossa Senhora. Com muito esforço e, após 10 dias de trabalho, a imagem parecia como nova. A artista terminou o trabalho no dia 27 de julho, justamente um dia antes de começar a Novena do Senhor Bom Jesus.

Fonte: Livro Santúário do Bom Jesus da Lapa por Pe. Lucas Kocik.